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CentOS 7 系统三步手动挂载硬盘 – GUI篇

第一步:选中Disk管理

方式: Applications -> Utilities -> Disk

第二步:格式化磁盘

通过配置按钮,选择格式化,进行格式化硬盘,默认选择 ext4 格式

第三步:挂在磁盘

选择挂在磁盘目录, 比如 Biostack 系列服务器, 选择挂在在根目录

创建根目录挂载点:

cd / mkdir biostack

在挂在选项挂载点设置: /biostack, 并关闭自动挂载选项

来自Biostack团队: 2017-08-03 版本

Biostack R系列生物信息一体机:软件、硬件和软件配置

当前戴尔销售的服务器为第13代,高性能计算中使用比较多的为R730,14代服务器应该也会于Q4发布,但是一些公司,比如游戏公司,会不断对服务器升级,并下架那些老一代的服务器,那些下架机器仍然具有很好的性能。

现阶段学习生物信息越来越受到关注,而学习生物信息最快的途径就是实战,亲自去编写程序或去使用生物信息应用解决生物信息学问题,这样就需要有学习的软件和硬件环境。

最新更新 2017-07-12 嵌入 div_seq_lite 数据分析流程 10个样本(每个样本平均3W条序列)的数据可以在1.5分钟完成解析。 核心功能全部使用 Usearch, 主要功能包括: 1. 序列修剪. 2.双端序列合并 3. 构建OTU表 4. 去除叶绿体线粒体 16S序列 5. 菌群结构分布 6. alpha多样性分析以及稀释曲线 7. beta多样性分析 标配价格 5800 人民币/台 注:1. 包运费 2. 含税 3. 主机(除额外配置SATA硬盘、以及8G/16G 内存以外)皆为DELL原装. 4. 2T SATA硬盘、8G / 16G 内存为全新配件。 5. 采用系统2块300G Raid1 镜像冗余,保证系统稳定性。 6. Biostack软件独立一块2T盘,方便后期维护。 7. 项目project目录独立,方便组Raid扩容。 硬件配置 服务器安装配置: 处理器:2 * E5645 (2.40GHz),共计12核心、24线程 […]

使用Dell Server Update Utility (SUU) 和 生命周期控制器 升级你的PowerEdge服务器

前面介绍了: 两步升级 DELL R710 升级 PERC 6/i 阵列卡 固件 方案, 但是有时候可能进不了系统,使用U盘是最简单的办法,下面介绍使用U盘集合SUU和生命周期控制器进行升级的策略。

在正文之前先说明几点:

1. 直接将下载的固件或者升级程序拷贝进U盘在R710服务器没有测试成功; 2. 该安装方法在R710上完成测试; 3. 可直接下载对应型号的SUU,但是体积很大,最新版本超过10G; 4. 生命周期控制器接受WINDOWNS版本的升级程序,不管机器安装什么操作系统,都可以选择 WIN32 模式; 下载 Dell Repository Manager

下载仓库 Dell_Repository_Manager_2.1.0.451, WINDOWS平台,下载后直接安装。

构建SUU镜像

参考: 使用Dell Repository Manager生成定制SUU

生命周期控制器升级服务器固件或者驱动程序

参考: PowerEdge服务器Lifecycle Controller简介

来自Biostack团队: 2017-08-01 版本

Div-seq 16S 扩增子数据分析流程使用教程

重磅推出

凡通过biostack渠道购买的 USEARCH 64bit 版本,将获赠div-seq工作流。

当前USEARCH 64bit 学术/非盈利 版本价格 6600, 正规发票。

引言

微生物组研究的主要对象为特定环境中微生物群落的所有成员及其全部遗传与生理功能,传统的纯培养法经过百年来的发展和完善,从环境中分离和培养并鉴定菌株的研究工作已经接近极限,随着测序技术的发展,直接对环境样本中的保守的遗传标记片段比如:16S rRNA 基因进行扩增测序成为新的研究手段。 随着测序技术的发展以及测序成本的降低,越来越多的环境微生物多样性被研究,比如:人类肠道、温泉、土壤、火山口、南极冰川、深海、沼液、城市交通系统、生活用水等,对健康、农业、环境、海洋等重大系统问题产生深远影响。 人体微生物组计划(The Human Microbiome Project,HMP),对人体部位(胃肠道、口腔、鼻腔、女性生殖道以及皮肤)的微生物组进行广泛的研究,揭示出微生物组与人类健康状态息息相关,并推动了各国的微生物组计划和执行,美国更是将微生物组研究上升到了国家层面,提出了“国家微生物组计划”, 因此微生物研究也成为生物医学领域最火爆的前沿研究方向,未来精准医疗的重要组成部分。 为此,我们开发了div_seq 通用微生物组数据分析流程,快速有效的解析微生物的组成和功能,以便深入了解环境中微生物的群落结构及多样性和微生物的功能及代谢机理。

Div-seq 介绍

Div-seq 是完全基于 USEARCH(版本 10), USEARCH 版本10 新增了很多新的功能,包括了, 质量控制和双端序列合并 fastq_mergepairs, doi: 10.1093/bioinformatics/btv401、OTU表构建 UPARSE, Pubmed:23955772, dx.doi.org/10.1038/nmeth.2604 、 菌群组成分析 SINTAX 多样性指数分析 (alpha 和 beta)等。

流程包括了一下几个分析内容(模块):

1. 原始数据质量控制 trimming; 2. 双端序列合并 mergepairs; 3. OTU表构建 […]

两步升级 DELL R710 升级 PERC 6/i 阵列卡 固件

1. 下载新固件

需要从官方下载固件程序:SAS-RAID_Firmware_F96NR_LN_6.3.3-0002_X00.BIN 链接:https://downloads.dell.com/FOLDER01002136M/1/SAS-RAID_Firmware_F96NR_LN_6.3.3-0002_X00.BIN

cd /biostack/misc wget https://downloads.dell.com/FOLDER01002136M/1/SAS-RAID_Firmware_F96NR_LN_6.3.3-0002_X00.BIN 2. 安装

执行:

# sh SAS-RAID_Firmware_F96NR_LN_6.3.3-0002_X00.BIN Collecting inventory… …….. Running validation… PERC 6/i Integrated Controller 0 The version of this Update Package is newer than the currently installed version. Software application name: PERC 6/i Integrated Controller 0 Firmware Package version: 6.3.3-0002 Installed version: 6.3.1-0003 Continue? Y/N:Y Executing […]