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Div-seq lite 16S 数据分析流程使用教程

引言

微生物组研究的主要对象为特定环境中微生物群落的所有成员及其全部遗传与生理功能,传统的纯培养法经过百年来的发展和完善,从环境中分离和培养并鉴定菌株的研究工作已经接近极限,随着测序技术的发展,直接对环境样本中的保守的遗传标记片段比如:16S rRNA 基因进行扩增测序成为新的研究手段。 随着测序技术的发展以及测序成本的降低,越来越多的环境微生物多样性被研究,比如:人类肠道、温泉、土壤、火山口、南极冰川、深海、沼液、城市交通系统、生活用水等,对健康、农业、环境、海洋等重大系统问题产生深远影响。 人体微生物组计划(The Human Microbiome Project,HMP),对人体部位(胃肠道、口腔、鼻腔、女性生殖道以及皮肤)的微生物组进行广泛的研究,揭示出微生物组与人类健康状态息息相关,并推动了各国的微生物组计划和执行,美国更是将微生物组研究上升到了国家层面,提出了“国家微生物组计划”, 因此微生物研究也成为生物医学领域最火爆的前沿研究方向,未来精准医疗的重要组成部分。 为此,我们开发了div_seq 通用微生物组数据分析流程,快速有效的解析微生物的组成和功能,以便深入了解环境中微生物的群落结构及多样性和微生物的功能及代谢机理。

Div-seq-lite 介绍

Div-seq-lite 是完全基于 USEARCH(版本 10), USEARCH 版本10 新增了很多新的功能,包括了, 质量控制和双端序列合并 fastq_mergepairs, doi: 10.1093/bioinformatics/btv401、OTU表构建 UPARSE, Pubmed:23955772, dx.doi.org/10.1038/nmeth.2604 、 菌群组成分析 SINTAX 多样性指数分析 (alpha 和 beta)等。

流程包括了一下几个分析内容(模块):

1. 原始数据质量控制 trimming; 2. 双端序列合并 mergepairs; 3. OTU表构建 uparse 4. 鉴定代表序列的分类 sintax; 5. 物种组成多样及其可视化 taxonomy; 6. 样品多样性分析(alpha 多样性),获得稀释曲线 alpha; […]

两步升级 DELL R710 升级 PERC 6/i 阵列卡 固件

1. 下载新固件

需要从官方下载固件程序:SAS-RAID_Firmware_F96NR_LN_6.3.3-0002_X00.BIN 链接:https://downloads.dell.com/FOLDER01002136M/1/SAS-RAID_Firmware_F96NR_LN_6.3.3-0002_X00.BIN

cd /biostack/misc wget https://downloads.dell.com/FOLDER01002136M/1/SAS-RAID_Firmware_F96NR_LN_6.3.3-0002_X00.BIN 2. 安装

执行:

# sh SAS-RAID_Firmware_F96NR_LN_6.3.3-0002_X00.BIN Collecting inventory… …….. Running validation… PERC 6/i Integrated Controller 0 The version of this Update Package is newer than the currently installed version. Software application name: PERC 6/i Integrated Controller 0 Firmware Package version: 6.3.3-0002 Installed version: 6.3.1-0003 Continue? Y/N:Y Executing […]