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计算OTU表相对丰度:otutable_freq

本文介绍otutable-utils系列的一个小工具:otutable_freq (Github 链接 ), 就是计算OTU表的相对丰度(频数转频率).

1. 命令行接口

$ otutable_freq
Usage:  otutable_freq <matrix>
version 0.0.2

2. 命令行接口

otutable_freq otutable_counts.txt >otutable_freqs.txt

3. 其它实现

3.1 otutab_counts2freqs

otutab_counts2freqs 是 Usearch 9.2 版本才加入的命令行工具,接口也比较简单

usearch -otutab_counts2freqs otutable_counts.txt -output otutable_freqs.txt

本文材料为 BASE (Biostack Applied bioinformatic SEies ) 课程 Linux Command Line Tools for Life Scientists 材料, 版权归 上海逻捷信息科技有限公司 所有.

Last Upate: 2017-10-18 6:35 PM

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