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OTU表生成 Krona 输入文件:otutable_krona

这篇文章介绍如何根据注释的 OTU Table 进行 Krona 可视化

Krona

1. Krona介绍

Krona是一种基于HTML5的交互式数据可视化方式,兼容大部分现代浏览器,比如 Chrome,Firefox,IE等。

参考文件:Interactive metagenomic visualization in a Web browser Github仓库地址: Krona: Interactively explore metagenomes and more from a web browser.

KronaTools 可本地安装,并包含各种程序进行导入不同工具的输出结果,比如:RDP、BLAST、MEGAN等, Krona的各种使用我们通过另外一篇文章进行描述,现在主要使用Krona的基本功能。 ktImportText

主要命令行接口:

$ ktImportText

ktImportText \
   [options] \
   text_1[,name_1] \
   [text_2[,name_2]] \
   ...

   [-o <string>]  Output file name. [Default: 'text.krona.html']

   [-n <string>]  Name of the highest level. [Default: 'all']

   [-q]           Files do not have a field for quantity.

   [-c]           Combine data from each file, rather than creating separate datasets within the chart.

   [-u <string>]  URL of Krona resources to use instead of bundling them with the chart (e.g. "http://krona.sourceforge.net"). \
                  Reduces size of charts and allows updates, though charts will not work
                  without access to this URL.

我们只需要生成下面格式文件,就可以将数据进行Krona可视化:

3   d:Bacteria  p:Firmicutes    c:Bacilli   o:Bacillales    f:Paenibacillaceae_1    g:Cohnella

制表符分隔, 第一列为数值,后面为等级分类;

2. otutable_krona

我们实现了otutable_krona, ( 程序链接 )可直接从OTU表,生成指定文件的 Krona输入文件

otutable_krona 命令行接口:

$ otutable_krona
Usage: otutable_krona <otu-table:annotated> <sample>
version: 0.0.2

需要指定两个参数, 第一个为带有注释的OTU表,第二个参数为样本;

命令行示例: otutable_krona otutable_freq_ann.txt Con1d-1 >Con1d-1.txt ktImportText Con1d-1.txt:Con1d-1 -o Con1d-1.html

otutable_krona 对生成的krona 文件做了特殊处理, 尝试对于一个分类如果包含子分类,当前分类会添加_unclassified 标识。 这些分类一般代表一些比较新的、未分类的菌,对于研究寻找新菌来说特别有帮助。

unclassified

本文材料为 BASE (Biostack Applied bioinformatic SEies ) 课程 Linux Command Line Tools for Life Scientists 材料,版权归 上海逻捷信息科技有限公司 所有。

Last Upate: 2017-10-20 4:49 PM

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