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生成不同水平系统分类丰度表:otutable_abundance 和 otutable_level

这篇文章介绍 otutable_abundanceotutable_level, 对注释的OTU表统计不同系统分类水平丰度信息表,
支持OTU频数表和相对丰度表,注释信息按照单字母缩写模式:

比如:d:Bacteria,p:Cyanobacteria/Chloroplast,c:Chloroplast,f:Chloroplast,g:Streptophyta

1. otutable_level

命令行接口

$ otutable_level
Usage: otutable_level [options] <otu-table:annotated>
Options:
  -l  taxonomy level in [dkcofgs] Default:['g']
  -v  print version number

通过 -l 指定分类水平, 默认是 genus 水平,映射表如下:

k   Kingdom o   Order
d   Domain  f   Family
p   Phylum  g   Genus
c   Class   s   Species

程序接口简单接受一个参数: OTU注释表。

实例

otutable_level  -l g  otutable_counts_ann.txt

2. otutable_abundance

otutable_abundance 多增加一个参数,用于计算单个样本指定分类水平的丰度信息。

命令行接口

$ otutable_abundance
Usage: otutable_abundance [options] <otu-table:annotated> <sample>
Options:
  -l  taxonomy level in [dkcofgs] Default:['g']
  -v  print version number

实例

$ otutable_abundance  -l g  otutable_counts_ann.txt  WG7d-1 >/dev/null

生成丰度表可以制作各种柱状图、热图以及各种统计分析。

本文材料为 BASE (Biostack Applied bioinformatic SEies ) 课程 Linux Command Line Tools for Life Scientists 材料,版权归 上海逻捷信息科技有限公司 所有。

Last Upate: 2017/10/21 18:35

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