Archives

OTU表过滤操作:otutable_filter

otutable_filter程序主要实现了对OTU表中的丰度信息进行过滤,比如过滤符合一定规则的OTU(比如丰度和小于设定阈值)。

命令行接口:

$ otutable_filter
Usage: otutable_abundance [options] <otu-table> <cutoff:2>
Options:
  -v  print version number

程序接受两个参数, OTU表和设置阈值,支持未注释的OTU表和注释的OTU表。

实例

otutable_filter  otutable_freq.txt  0.1

过滤掉特定OTU(所有的样本相对丰度和小于0.1)的OTU。

本文材料为 BASE (Biostack Applied bioinformatic SEies ) 课程 Linux Command Line Tools for Life Scientists 材料,版权归 上海逻捷信息科技有限公司 所有。

Last Upate: 2017/10/21 18:51

Comments are closed.