一、毒力因子
毒力因子（Virulence factor）， 详细介绍参见 维基百科 Virulence_factor 页面， 细菌、病毒、真菌等生成的分子，并产生毒力（主要有侵袭力和毒素等），包括：
1. 在宿主定殖 (colonization），黏附在宿主消化道、呼吸道、生殖道、尿道及眼结膜等处，以免被肠蠕动、黏液分泌、呼吸道纤毛运动等作用所清除
2. 免疫逃避，逃避宿主的免疫应答
3. 免疫抑制，抑制宿主的免疫反应
4. 进入和退出细胞
5. 从宿主获得营养
毒力因子可编码在可移动遗传元件（比如质粒、基因岛、噬菌体等）上并进行水平基因转移（传播），使无害细菌变成危险的病原菌，所以在鉴定毒力因子时一般会考虑： 基因岛、分泌蛋白等。
二、病原菌毒力因子数据库 VFDB
毒力因子数据库VFDB 由中国医学科学院研发，被广泛应用于毒力因子基因鉴定。
VFDB收集了包括30个属（ 74个病原菌）的细菌毒力基因序列信息。
VFDB提供了对应的毒力基因核酸和蛋白质序列信息，因此鉴定毒力基因最简单的办法就是序列比对（BLAST）,
2.1 数据库预处理
数据预处理需要以下几个步骤：
VFDB的元信息可以通过序列文件以及提供的描述文件获得：
>VFG000676(gb|AAD32411) (lef) anthrax toxin lethal factor precursor [Anthrax toxin (VF0142)] [Bacillus anthracis str. Sterne]`
1、格式化序列文件，只保留毒力基因编号 VFG000676 并获得 VFG000676 -> VF0142 映射关系；
2、格式化序列库；
3、预处理VFDB的数据库描述信息：
VF_Name -> Acinetobactin
VF_FullName -> -
Bacteria -> Acinetobacter baumannii
Characteristics -> -
Structure -> An iron-chelating molecule composed of equimolar quantities \
of 2,3-dihydroxybenzoic acid (DHBA), L-threonine, and N-hydroxyhistamine
Function -> High-affinity catechol-hydroxamate siderophore competing with host cells for iron
Mechanism -> -
Keyword -> Iron uptake; Siderophore
VFID -> VF0467
这里我们比较感兴趣应该是： VFID列和Keyword列， 需要格式化成：
VFID Keyword 映射关系；
4、序列比对
5、keywords注释
2.2 VFDB 注释protocol
综合以上我们使用命令行实现如下：
vfdb-fmt VFDB_setA_pro.fas.gz >VFDB_setA.pep
makeblastdb -in VFDB_setA.pep -dbtype prot -out VFDB_setA -title VFDB_setA
blast-pipe -d VFDB_setA -c 40 A189.faa A189
blast-utils hits -i 30 A189/align/blast.tsv | blast-utils best_hsp - >A189.vfdb.tsv
tail -n +3 VFs.txt | tabtk cut -r -f9,8 VFs.txt >vfdb-keyword
tail -n +3 VFs.txt | tabtk cut -r -f9,6 VFs.txt >vfdb-fuction
zgrep '>' VFDB_setA_pro.fas.gz | vfdb-tab | cut -f1,6 >vfdb-map
tsv-utils definition -c 2 -t "VF" vfdb-map A189.vfdb.tsv \
| tsv-utils definition -c 3 -t "fuction" vfdb-fuction - \
| tsv-utils definition -c 3 -t 'keyword' vfdb-keyword - >A189.vfdb-ann.tsv
tsv-utils tsv2xlsx A189.vfdb-ann.xlsx VFDB:A189.vfdb-ann.tsv
如果数据库格式化好了其实只需三步：
blast-utils hits -i 30 A189/align/blast.tsv | blast-utils best_hsp - >A189.vfdb.tsv
tsv-utils definition -c 2 -t "VF" vfdb-map A189.vfdb.tsv \
| tsv-utils definition -c 3 -t "fuction" vfdb-fuction - \
| tsv-utils definition -c 3 -t 'keyword' vfdb-keyword - >A189.vfdb-ann.tsv
tsv-utils tsv2xlsx A189.vfdb-ann.xlsx VFDB:A189.vfdb-ann.tsv