BLAST2GO 的本地安装（ Ubuntu ）
基本介绍
Blast2GO是一套集成的比较成熟的序列功能注释和分析平台， 可以整合NR， Swiss-prot 以及Interproscan的结果对序列进行功能Gene Ontology（GO）的功能分类。
Blast2GO是针对实验人员设计的，具有友好直观的界面。在处理大量序列时，虽然可以提交上千条序列在线分析，但是很费时且不能有效的控制软件版本，所以本地安装并基于命令行的运行模式显得尤其必要。
基本步骤
Mysql安装及其创建用户
Mysql 安装
sudo apt-get install mysql-server mysql-client mysql-workbench
安装过程中会提示输入root的密码：
你也可以后面使用下面的命令设置root密码：
sudo mysqladmin -u root -hlocalhost password 'biostack'
测试
$ mysql
Welcome to the MySQL monitor. Commands end with ; or \g.
Your MySQL connection id is 41
Server version: 5.5.31-0ubuntu0.12.04.2 (Ubuntu)
Mysql安装版本：Mysql Server version 5.5.31
添加blast2go用户
使用root 创建用户并授予权限；
$mysql -hlocalhost -uroot -p
添加新用户：这里使用了 ‘blast2go’ 作为用户名， 密码设置为’blast4it’
insert into mysql.user(Host,User,Password) values("localhost","blast2go",password("blast4it"));
flush privileges;
使用blast2go用户登录；
$mysql -hlocalhost -u blast2go -pblast4it
登录后显示成功!
下载各种数据
- http://www.blast2go.com/public-data/local_b2g_db.zip
- http://archive.geneontology.org/latest-full/go_201307-assocdb-data.gz （大概3.4G）
- ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene_info.gz
- ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2accession.gz
- ftp://ftp.pir.georgetown.edu/databases/idmapping/idmapping.tb.gz
导入数据库表(b2gdb.sql)
解压local_b2g_db.zip压缩包；
$mysql -hlocalhost -uroot -p < b2gdb.sql
这样会导入三个表：gene2accession, gene_info, gi2uniprot
导入数据
$for i in gene2accession gene_info go_201307-assocdb-data idmapping.tb ; do gunzip -c $i.gz >$i ; done
$mysql -s -h localhost -ublast2go -pblast4it b2gdb < go_201307-assocdb-data
$mysql -s --local-infile -h localhost -ublast2go -pblast4it b2gdb -e "LOAD DATA LOCAL INFILE 'gene2accession' INTO TABLE gene2accession FIELDS TERMINATED BY '\t' LINES TERMINATED BY '\n';"
$mysql -s --local-infile -h localhost -ublast2go -pblast4it b2gdb -e "LOAD DATA LOCAL INFILE 'gene_info' INTO TABLE gene_info FIELDS TERMINATED BY '\t' LINES TERMINATED BY '\n';"
$java -cp .:mysql-connector-java-5.0.8-bin.jar: ImportIdMapping idmapping.tb localhost b2gdb blast2go blast4it
这样BLAST2GO 本地数据库就已经安装完。 下一篇介绍下InterProScan的安装。
参考：
- http://www.blast2go.com/b2glaunch/resources
- http://www.blast2go.com/b2glaunch/resources/35-localb2gdb