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BLAST2GO 的本地安装( Ubuntu )

BLAST2GO 的本地安装( Ubuntu )

基本介绍

Blast2GO是一套集成的比较成熟的序列功能注释和分析平台, 可以整合NR, Swiss-prot 以及Interproscan的结果对序列进行功能Gene Ontology(GO)的功能分类。
Blast2GO是针对实验人员设计的,具有友好直观的界面。在处理大量序列时,虽然可以提交上千条序列在线分析,但是很费时且不能有效的控制软件版本,所以本地安装并基于命令行的运行模式显得尤其必要。

基本步骤

Mysql安装及其创建用户

Mysql 安装
sudo apt-get install mysql-server mysql-client  mysql-workbench

安装过程中会提示输入root的密码:
你也可以后面使用下面的命令设置root密码:

sudo mysqladmin -u root -hlocalhost password 'biostack'

测试

$ mysql
Welcome to the MySQL monitor.  Commands end with ; or \g.
Your MySQL connection id is 41
Server version: 5.5.31-0ubuntu0.12.04.2 (Ubuntu)

Mysql安装版本:Mysql Server version 5.5.31

添加blast2go用户

使用root 创建用户并授予权限;

$mysql -hlocalhost -uroot -p

添加新用户:这里使用了 ‘blast2go’ 作为用户名, 密码设置为’blast4it’

insert into mysql.user(Host,User,Password) values("localhost","blast2go",password("blast4it"));
flush privileges;

使用blast2go用户登录;

$mysql -hlocalhost -u blast2go -pblast4it

登录后显示成功!

下载各种数据

  1. http://www.blast2go.com/public-data/local_b2g_db.zip
  2. http://archive.geneontology.org/latest-full/go_201307-assocdb-data.gz (大概3.4G)
  3. ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene_info.gz
  4. ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/gene2accession.gz
  5. ftp://ftp.pir.georgetown.edu/databases/idmapping/idmapping.tb.gz

导入数据库表(b2gdb.sql)

解压local_b2g_db.zip压缩包;

$mysql -hlocalhost -uroot -p  < b2gdb.sql

这样会导入三个表:gene2accession, gene_info, gi2uniprot

导入数据

$for i in  gene2accession  gene_info  go_201307-assocdb-data  idmapping.tb ; do  gunzip -c $i.gz  >$i ; done
$mysql -s  -h localhost  -ublast2go -pblast4it  b2gdb < go_201307-assocdb-data
$mysql -s --local-infile -h localhost  -ublast2go -pblast4it  b2gdb -e "LOAD DATA LOCAL INFILE 'gene2accession' INTO TABLE gene2accession FIELDS TERMINATED BY '\t' LINES TERMINATED BY '\n';"
$mysql -s --local-infile -h localhost  -ublast2go -pblast4it  b2gdb -e "LOAD DATA LOCAL INFILE 'gene_info' INTO TABLE gene_info FIELDS TERMINATED BY '\t' LINES TERMINATED BY '\n';"
$java -cp .:mysql-connector-java-5.0.8-bin.jar: ImportIdMapping  idmapping.tb localhost b2gdb blast2go blast4it

这样BLAST2GO 本地数据库就已经安装完。 下一篇介绍下InterProScan的安装。

参考:

  1. http://www.blast2go.com/b2glaunch/resources
  2. http://www.blast2go.com/b2glaunch/resources/35-localb2gdb

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