如何使用Biostack提供的工具

我们分享的工具集都在 Github （地址） 上， 目前只提供编译后的版本, 如下图：

Biostack Github 仓库

如何下载使用工具，目前所有的工具都是在 CentOS 7编译，可能不兼容版本比较低的系统。

1. 下载工具

使用 git 直接克隆对应仓库， 比如：

git clone https://github.com/jameslz/blast_utils

如果提示没有安装 git, 请先安装git：

sudo yum install git

2. 添加环境变量

如果我们将 blast_utils 克隆到了目录： /project/tools/blast_utils, 只需要执行：

export PATH=/project/tools/blast_utils:$PATH

就可以使用这些程序了， 或者执行下面命令添加到bashrc文件，每次启动bash都会自动加载该目录：

echo export PATH=/project/tools/blast_utils:$PATH  >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

如果提示权限不够，请执行：

chmod -R 775  /project/tools/blast_utils

3. 命令执行

随意切换到任何目录，我们可以直接使用 blast_utils 目录下应用程序，比如：

$ cd

$ blast_hsp
Usage: blast_hits  [options]  <blast|->
Options:
  -b DOUBLE  MIN bit score, default: [60]
  -e DOUBLE  MAX E-value, default: [0.001]
  -i DOUBLE  MIN identity, default: [0]
  -v print version number

4. 其它问题

如果可执行文件在仓库的 bin 目录, 添加目录时请包括bin目录， 比如：

 export PATH=/project/tools/blast_utils/bin:$PATH

本文材料为 BASE (Biostack Applied bioinformatic SEies ) 课程 Linux Command Line Tools for Life Scientists 材料， 版权归上海逻捷信息科技有限公司所有

Last update：2017-11-15 3:02 PM