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如何使用Biostack提供的工具

我们分享的工具集都在 Github (地址) 上, 目前只提供编译后的版本, 如下图:

ScreenClip.png-13.6kB

Biostack Github 仓库

如何下载使用工具,目前所有的工具都是在 CentOS 7编译,可能不兼容版本比较低的系统。

1. 下载工具

使用 git 直接克隆对应仓库, 比如:

git clone https://github.com/jameslz/blast_utils

如果提示没有安装 git, 请先安装git:

sudo yum install git

2. 添加环境变量

如果我们将 blast_utils 克隆到了目录: /project/tools/blast_utils, 只需要执行:

export PATH=/project/tools/blast_utils:$PATH

就可以使用这些程序了, 或者执行下面命令添加到bashrc文件,每次启动bash都会自动加载该目录:

echo export PATH=/project/tools/blast_utils:$PATH  >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

如果提示权限不够,请执行:

chmod -R 775  /project/tools/blast_utils

3. 命令执行

随意切换到任何目录,我们可以直接使用 blast_utils 目录下应用程序,比如:

$ cd

$ blast_hsp
Usage: blast_hits  [options]  <blast|->
Options:
  -b DOUBLE  MIN bit score, default: [60]
  -e DOUBLE  MAX E-value, default: [0.001]
  -i DOUBLE  MIN identity, default: [0]
  -v print version number

4. 其它问题

如果可执行文件在仓库的 bin 目录, 添加目录时请包括bin目录, 比如:

 export PATH=/project/tools/blast_utils/bin:$PATH

本文材料为 BASE (Biostack Applied bioinformatic SEies ) 课程 Linux Command Line Tools for Life Scientists 材料, 版权归上海逻捷信息科技有限公司所有

Last update:2017-11-15 3:02 PM