我们分享的工具集都在 Github (地址) 上, 目前只提供编译后的版本, 如下图:
Biostack Github 仓库
如何下载使用工具,目前所有的工具都是在 CentOS 7编译,可能不兼容版本比较低的系统。
1. 下载工具
使用 git 直接克隆对应仓库, 比如:
git clone https://github.com/jameslz/blast_utils
如果提示没有安装 git
, 请先安装git:
sudo yum install git
2. 添加环境变量
如果我们将 blast_utils
克隆到了目录: /project/tools/blast_utils
, 只需要执行:
export PATH=/project/tools/blast_utils:$PATH
就可以使用这些程序了, 或者执行下面命令添加到bashrc文件,每次启动bash都会自动加载该目录:
echo export PATH=/project/tools/blast_utils:$PATH >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
如果提示权限不够,请执行:
chmod -R 775 /project/tools/blast_utils
3. 命令执行
随意切换到任何目录,我们可以直接使用 blast_utils 目录下应用程序,比如:
$ cd
$ blast_hsp
Usage: blast_hits [options] <blast|->
Options:
-b DOUBLE MIN bit score, default: [60]
-e DOUBLE MAX E-value, default: [0.001]
-i DOUBLE MIN identity, default: [0]
-v print version number
4. 其它问题
如果可执行文件在仓库的 bin
目录, 添加目录时请包括bin
目录, 比如:
export PATH=/project/tools/blast_utils/bin:$PATH
本文材料为 BASE (Biostack Applied bioinformatic SEies ) 课程 Linux Command Line Tools for Life Scientists 材料, 版权归上海逻捷信息科技有限公司所有
Last update:2017-11-15 3:02 PM