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如何使用Biostack提供的工具

我们分享的工具集都在 Github (地址) 上, 目前只提供编译后的版本, 如下图:

Biostack Github 仓库

如何下载使用工具,目前所有的工具都是在 CentOS 7编译,可能不兼容版本比较低的系统。

1. 下载工具

使用 git 直接克隆对应仓库, 比如:

git clone https://github.com/jameslz/blast_utils

如果提示没有安装 git, 请先安装git:

sudo yum install git 2. 添加环境变量

如果我们将 blast_utils 克隆到了目录: /project/tools/blast_utils, 只需要执行:

export PATH=/project/tools/blast_utils:$PATH

就可以使用这些程序了, 或者执行下面命令添加到bashrc文件,每次启动bash都会自动加载该目录:

echo export PATH=/project/tools/blast_utils:$PATH >> ~/.bashrc source ~/.bashrc

如果提示权限不够,请执行:

chmod -R 775 /project/tools/blast_utils 3. 命令执行

随意切换到任何目录,我们可以直接使用 […]