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Linux 平台轻松解决Python3环境: conda

一、 引子(需求场景)

因为 Python2 和 Python3 之间的语法差异, 现在Python开发者主要有两大阵营,Python 2.7.x 版本阵营 和 Python 3 阵营, 为了使用不同阵营的包, 导致我们要维护两套Python系统。 当前Linux发行版本主要还是Python2环境,所以需要额外一套方案使得Python2和Python3共存, 最简单的方案应该就是切换环境变量,这样做的好处是我们可以包括任意多的版本,这里使用conda来切换环境。

这篇可以作为介绍Bioconda的引子,只介绍如何安装 miniconda 解决 Python 环境的问题,如何使用bioconda 安装生物信息软件,后面再讲。

二、使用Conda进行Python包管理

下面就讲几点:

miniconda 介绍 miniconda 安装 设置环境变量 安装python包 设定和管理特定Python环境 1 miniconda 介绍:

先摆出几个概念,Anaconda, conda, Miniconda, pip,可以参考官方文档: What’s the difference between Anaconda, conda, and Miniconda?, 也可以参考一篇博客:Anaconda、Miniconda、Conda、pip的相互关系 , 讲的很清楚, 为了完整性,这里简单介绍:

conda, 包管理器,安装和管理包的命令接口; […]