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在Ubuntu上安装InterProScan(Ubuntu)

在Ubuntu上安装InterProScan(Ubuntu)

Related:BLAST2GO数据库本地化安装

基本介绍

Interproscan 组合了不同的蛋白质特征(protein signature)数据库,包括了 Pfam , PIR,SMART,Gene3D,TigrFam,SuperFamily,TMHMM,SignalPHMM,FPrintScan以及PatternScan等。通过InterPro,我们可以利用这些数据库更好的注释和了解蛋白质功能等详细信息,此外,我们也可以容易的和GO进行关联,极大的丰富蛋白质的GO功能注释。

基本步骤 安装Perlbrew

为了安装本地的IPRscan,需要安装好多Perl的包,在Ubuntu 12.04 上Perl 版本是 5.14.2,最新的是5.18.0,很多包不都这么支持了,比如 File::Basename, English,不过 perlbrew , 可以很方便的安装多个Perl版本,以及随意切换, 在Perl 5.18.0 环境下可以将IPRscan需要的包顺利安装完成。

设置perlbrew 安装路径:

export PERLBREW_ROOT=/home/biostack/tools/perl5

安装perlbrew

wget -O – http://install.perlbrew.pl | bash

bashrc 中添加:

#perlbrew export PERLBREW_ROOT=/home/biostack/tools/perl5 source /home/biostack/tools/perl5/etc/bashrc

初始化

perlbrew init

选择镜像

perlbrew mirror

查看可以安装的perl 版本

perlbrew available

安装perl-5.18.0

perlbrew install […]

August 8th, 2013 | Tags: , , | Category: Tools | Comments are closed
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