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Linux 命令行小工具之tldr:更好的 man?

一、引言

Linux的伟大成功一个重要的原因就是有各种各样的小工具,比如ls, du、top、du等,可以完成Linux操作系统的各种文件操作、目录操作以及系统管理等,但是,以下几个因素也会成为我们习惯命令行操作的拦路虎:

可是使用的命令行工具太多了。 命令行接口(选项)太多了。

当安装这些小工具不是问题的时候,使用这些小工具就成为最大的问题了,首当其冲就是了解命令行的使用说明,最直接的肯定是 man 工具, 如下图,我们可以在命令行下输入man man就可以其实获得关于man的使用说明。

图一: man使用说明

当然很多程序, 可以通过直接执行命令行工具本身, 比如samtools 或者 bedtools –help 获取帮助信息。

不过今天介绍是一个小工具tldr()。

二、TLDR介绍

tldr-pages 采用一种社区驱动模式, Github仓库地址: https://github.com/tldr-pages/tldr, Web 客户端: https://tldr.ostera.io/。

Linux命令行工具运行命令如下:

图二: tldr使用模式

相对于man页面,tldr具有更多的例子。

三、安装

tldr 提供了各种语言的客户端: 下面列出几种比较常用的安装模式:

Node.js 客户端(需要先安装 Node.js) :

npm install -g tldr

Python 客户端

pip install tldr

GO 客户端:

wget https://github.com/pranavraja/tldr/releases/download/v1/tldr_linux_amd64.tar.gz […]

使用U盘安装CentOS7 Linux 操作系统

现在很多服务器都已经放弃了光驱设备,使用U盘安装操作系统成为比较方便的方案,本文介绍如何烧制可引导的U盘系统。

1. 下载ISO镜像

CentOS提供的所有的镜像列表: List of CentOS Mirrors 我们选择:Sohu Inc, Beijing P.R. China

推荐下载 DVD版本: CentOS-7-x86_64-DVD-1708.iso

2. 准备U盘

准备一个8Gb大小的U盘。

3. 安装

安装 win32diskimager-1.0.0, Windows平台下如何安装不需多说。

4. 烧制

打开程序,界面很简单,插入U盘,选中U盘符。

然后直接点击 Writer 确认后完成烧制, USB 2.0的接口估计需要15分钟左右才能烧制完成。

注意: 确保U盘里没有重要文件。

5. 系统安装

一般需要设置下, 让sBIOS系统引导的优先级,选中U盘即可,剩下的和光盘安装一样了。

如何使用Biostack提供的工具

我们分享的工具集都在 Github (地址) 上, 目前只提供编译后的版本, 如下图:

Biostack Github 仓库

如何下载使用工具,目前所有的工具都是在 CentOS 7编译,可能不兼容版本比较低的系统。

1. 下载工具

使用 git 直接克隆对应仓库, 比如:

git clone https://github.com/jameslz/blast_utils

如果提示没有安装 git, 请先安装git:

sudo yum install git 2. 添加环境变量

如果我们将 blast_utils 克隆到了目录: /project/tools/blast_utils, 只需要执行:

export PATH=/project/tools/blast_utils:$PATH

就可以使用这些程序了, 或者执行下面命令添加到bashrc文件,每次启动bash都会自动加载该目录:

echo export PATH=/project/tools/blast_utils:$PATH >> ~/.bashrc source ~/.bashrc

如果提示权限不够,请执行:

chmod -R 775 /project/tools/blast_utils 3. 命令执行

随意切换到任何目录,我们可以直接使用 […]

Linux上常用的文件(打包)解压和压缩工具:xz

回顾:

Linux上常用的文件(打包)解压和压缩工具:tar

1. 介绍

XZ Utils 是为 POSIX 平台开发具有高压缩率的工具,它使用 LZMA2 压缩算法,生成的压缩文件比 POSIX 平台传统使用的 gzip、bzip2 生成的压缩文件更小,而且解压缩速度也很快。

因为压缩率高,被广泛用于软件分发, 详细介绍请移步: XZ Utils 官方地址。

2. 安装

2.1 yum 安装:

CentoOS7 操作系统安装模式比较简单:

sudo yum install xz

2.2 源代码安装

wget https://tukaani.org/xz/xz-5.2.3.tar.gz tar xzvf xz-5.2.3.tar.gz ./configure –prefix=$PWD make make install make clean export PATH=$PWD/bin:$PATH 3.命令行接口

老规矩, 学习一个命令工具的第一个任务就是了解命令行选项:

$ xz -h Usage: […]

Linux上常用的文件(打包)解压和压缩工具:tar

本文介绍如何在Liunux命令行下完成文件(夹)压缩和解压操作,生物信息应用常见的压缩文件有: zip、 gz、 tar.gz、 bz2、 tar.bz2、xz、 7z 等, 后面会一一介绍各种(打包)压缩。

tar.gz 打包、压缩、解压

官方文档: GNU tar, 中文文档: wikipedia

.tar.gz 或者 .tgz 文件其实在是tar打包基础上进行 gzip 压缩,可以分成两步:第一步,打包。 第二步,压缩。 不过基本都是使用 tar 命令通过一部操作完成。

命令行接口: 通过下面命令可以查看所有支持的命令行选项:

$tar –help

主要选项解读:

-c: 创建归档文件; -x:解压归档文件; -z: 使用gzip进行压缩/解压; -j: 使用bzip2进行压缩/解压; -t: 查看归档文件列表; -v: 在终端显示进度; -f: 指定打包(压缩)文件名称; -C: 指定解压路径;默认当前路径; -O: 将所有输出文件重定向到标准输出流;

实例 组合各种操作可以完成一系列不同目的任务:

1.当前目录文件列表:

$ tree -L […]

Windows上安装Centos 6.4的操作流程

这次编辑使用了Markdown效果还是很不错的,真体会到了生产力很重 ,你做生物信息还在折腾Windows吗?

很多人想学习生物信息学,而学习生物信息学的最佳环境应该是Linux(这里推荐Ubuntu/Centos),但是自己电脑上又是安装的Windows , 这个时候最好的解决办法是安装虚拟机(当然推荐开源的VirtualBox),这里简单写了点Windows上安装Centos的操作流程,完全按照自己操作步骤写的。

一、下载软件 Virtualbox

版本4.2.16 下载地址:http://download.virtualbox.org/virtualbox/4.2.16/VirtualBox-4.2.16-86992-Win.exe

Centos

下载选用了:CentOS-6.4-x86_64-LiveCD.iso 下载地址:http://centos.arcticnetwork.ca/6.4/isos/x86_64/CentOS-6.4-x86_64-LiveCD.iso

二、安装 安装VirtualBox

这个就不多说了,拼命下一步就可以了。注意一定要安装增强工具。

安装Centos 6.4

这里就直接参考 “VirtualBox 安装 CentOs 6.3图文详细教程”(http://blog.phpcxz.com/2012/09/virtualbox_centos.html)的步骤,很容易就安装上了。

注意事项:

设置选项里有高级:一定要设置共享剪切板啊,后面会带来很大方便。 中间需要设置root 密码和 用户帐号(这里设置成biostack)和密码 安装完毕后记得那个虚拟光盘卸载掉。

最后安装完大概2.47G大小。

三、安装虚拟增强工具

如果不安装安装虚拟增强工具 a. 文件共享不能实现, b. 显示会有问题。 安装这个有点小麻烦,需要root 用户 Kernel-devel 和 gcc 参考“virtualbox centos安装增强工具和Centos与VirtualBox共享文件夹设置(http://linmaogan.blog.163.com/blog/static/38263937201233021623493/)”也很容易搞定。

具体操作:

$su (输入root 的密码) #yum install kernel-devel gcc #ln -s /usr/src/kernels/2.6.32-358.14.1.el6.x86_64 /usr/src/linux 安装VirtualBox […]