Archives

Categories

使用RDP对16S序列进行分类:rdp_classifier

今天探讨的是使用RDP分类器对16S/ITS/18S序列进行分类;

一、RDP分类器

RDP分类器是老牌的序列分类软件,采用了 naïve Bayesian classifier,最低分类等级到属水平。 QIIME(1.9 版本)使用的是RDP比较老的版本(2.2),当前版本为 2.12, 这个符合QIIME 一贯的作风,OTU 聚类 usearch 还一直采用Usearch比较老的算法版本(Uclust).

QIIME老用户请切换至 QIIME2, 全新的设计,还带有很多新的特性。

具体算法原理请参考:

Wang, Q, G. M. Garrity, J. M. Tiedje, and J. R. Cole. 2007. Naïve Bayesian Classifier for Rapid Assignment of rRNA Sequences into the New Bacterial Taxonomy. Appl Environ Microbiol. 73(16):5261-7

二、下载安装

分类器:

可以从Github上下载源代码编译(仓库:RDPTools), 也可以直接从 SourceForge 下载编译程序:

[…]