本文介绍otutable-utils系列的一个小工具:otutab_summary (Github 链接 ), 就是计算OTU表中每个样本的OTU数和tag数,支持未注释的OTU表。
1. 命令行接口 $ otutable_summary Usage: otutable_summary <otutab> version: 0.0.1 2. 命令行接口 otutable_summary OTU_table.txt >OTU_table.summary.txt 3. 其它实现
3.1 otutab_stats
otutab_stats 是 Usearch 的命令行工具,接口也比较简单
usearch -otutab_stats OTU_table.txt -output OTU_table.report.txt
该程序对整个OTU表中样本进行统计分析, 示例结果如下:
1624812 Reads (1.6M) 27 Samples 3565 OTUs 96255 Counts 44360 Count =0 (46.1%) 14975 Count =1 (15.6%) 14774 Count >=10 (15.3%) […]