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taxon-utils之NCBI Taxonomy 标识符lineage注释: taxon-translation

一、引言:

本文介绍一个小工具,taxon-translation, 使用场景:

需要将NCBI Taxonomy数据库的数字标识符转换成整个Lineage信息。

taxon-utils 仓库地址: https://github.com/jameslz/taxon-utils

二:应用 2.1 数据库格式化 taxon-db

taxon-db程序将NCBI的Taxonomy数据库的 node.dmp 和 name.dmp 合并成一个文件。

执行方法:

taxon-db nodes.dmp names.dmp >ncbi.map gzip ncbi.map

ncbi.map 也可以从 taxon-utils 仓库下载, ncbi.map.gz(版本为2017-09-15)链接。

2.1 数据库格式化 taxon-translate

taxon-translate 命令行接口比较简单:

$ taxon-translate Usage: taxon-translate [options] <ncbi-map> <tab> Options: -c INT target col for taxon translate, default: 1 -v print version number […]