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生物信息学应用资料列表

得益于NGS技术的发展,现在生物信息学软件更新的很快,这里我总结了生物信息学工具出没比较集中的一些网站,希望对大家有用。

第三方汇总:

Omictools http://omictools.com/ Mybiosoftware http://www.mybiosoftware.com/ Bioinformatics Software: Sequence Analysis http://www.scoop.it/t/bioinformatics-software-sequence-analysis

杂志:

Bioinformatics http://bioinformatics.oxfordjournals.org/ Nucleic Acids Research http://nar.oxfordjournals.org/ BMC Bioinformatics http://www.biomedcentral.com/bmcbioinformatics/ Genome Biology http://genomebiology.com/ GigaScience http://www.gigasciencejournal.com/ BioData Mining http://www.biodatamining.org/ Genome Research http://genome.cshlp.org/ PLOS ONE http://www.plosone.org/ PLOS Computational Biology http://www.ploscompbiol.org/ Nature Methods http://www.nature.com/nmeth/index.html Nature Biotechnology http://www.nature.com/nbt/index.html Nature Protocols http://www.nature.com/nprot/index.html

代码仓库:

Github https://github.com/ Sourceforge http://sourceforge.net/ Bitbucket https://bitbucket.org/ […]

BLASTparser : 转换BLAST -m5/ -m0 格式成Table格式

一、 准备工作:

1.1 系统平台:这里使用的是Ubuntu Linux 12.04 LTS 64bit 版本;

1.2 Windows版本: 如果你说只有Windows,安装个虚拟机嘛

推荐VirtualBox https://www.virtualbox.org/

网上有相当多的图文教程

比如:http://blog.csdn.net/tangyajun_168/article/details/7063448

1.3 BLAST 本地下载安装

wget ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/LATEST/ncbi-blast-2.2.28+-x64-linux.tar.gz

注意 blast 和 blast+ 在参数方面有很大的不同。而且blast 好像2.2.26 以后就没有更新,而blast+一直在更新,而且blast+可以自己定制(- outfmt 6 ,7, 10)输出格式。

这里测试都是使用blast+。

二、测试数据

2.1 参考序列:

使用The Consensus CDS (CCDS)数据库中的人类的氨基酸序列和核酸序列(20130430 版本),关于CCDS以后会在kbase 标签下介绍。

下载地址:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/CCDS/current_human/

2.2查询序列:

找一个比较小的测试集,选了人类的编码激酶的蛋白和核酸数据(kinome)。

http://kinase.com/kinbase/FastaFiles/Human_kinase_rna.fasta

http://kinase.com/kinbase/FastaFiles/Human_kinase_protein.fasta

三、执行BLAST

这里我把测试了BLASTp,BLASTn,BLASTx

因为自定义输出格式(仅限于table格式)大家用的不多,所以这里就给了几个示例。

3.1. Formatdb

../bin/ncbi-blast-2.2.28+/makeblastdb -in CCDS_protein.20130430.faa […]