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Linux 命令行小工具之tldr:更好的 man?

一、引言

Linux的伟大成功一个重要的原因就是有各种各样的小工具,比如ls, du、top、du等,可以完成Linux操作系统的各种文件操作、目录操作以及系统管理等,但是,以下几个因素也会成为我们习惯命令行操作的拦路虎:

可是使用的命令行工具太多了。 命令行接口(选项)太多了。

当安装这些小工具不是问题的时候,使用这些小工具就成为最大的问题了,首当其冲就是了解命令行的使用说明,最直接的肯定是 man 工具, 如下图,我们可以在命令行下输入man man就可以其实获得关于man的使用说明。

图一: man使用说明

当然很多程序, 可以通过直接执行命令行工具本身, 比如samtools 或者 bedtools –help 获取帮助信息。

不过今天介绍是一个小工具tldr()。

二、TLDR介绍

tldr-pages 采用一种社区驱动模式, Github仓库地址: https://github.com/tldr-pages/tldr, Web 客户端: https://tldr.ostera.io/。

Linux命令行工具运行命令如下:

图二: tldr使用模式

相对于man页面,tldr具有更多的例子。

三、安装

tldr 提供了各种语言的客户端: 下面列出几种比较常用的安装模式:

Node.js 客户端(需要先安装 Node.js) :

npm install -g tldr

Python 客户端

pip install tldr

GO 客户端:

wget https://github.com/pranavraja/tldr/releases/download/v1/tldr_linux_amd64.tar.gz […]

数据高速上传下载的利器:Aspera及其在生命科学中的应用

一、Aspera 介绍

Aspera是IBM公司的一款高速传输软件,在 2013年被IBM收购 前属于Aspera, Inc 公司。

IBM® Aspera® 快速文件传输使企业能够利用现有的 WAN 基础架构,以可预测、可靠且安全的传送方式,快速传输大型文件和数据集(不论是结构化还是非结构化数据),而与文件大小、传输距离和网络状况无关。该文件传输软件包含客户端和服务器软件包,可以使用状态不佳的网络,跨多个位置(甚至是远程位置),传输对时间要求严格的文件。

本材料来源:http://www-03.ibm.com/software/products/zh/high-speed-file-transfer

一句话:就是传输速度快,基本可以占满客户的带宽。

二、Aspera 在生命科学领域内的应用

NCBI(数据下载接口)/ENA/GigaScience 等都采用Aspera技术提供数据下载服务。

三、 下载安装

这部分内容只包含Linux(测试平台: CentOS 7 操作系统)平台的安装以及常用数据的操作,NCBI提供了Web接口,通过浏览器插件也可以很方便的下载数据。

下载和安装:

wget http://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.7.2/aspera-connect-3.7.2.141527-linux-64.sh sh aspera-connect-3.7.2.141527-linux-64.sh

如需其它平台请移步: http://downloads.asperasoft.com/en/downloads/8?list

文件会被安装在:/home/biostack/.aspera 目录 目录结构如下:

. └── connect ├── bin ├── etc ├── iso-swid ├── lib ├── localization ├── notices.txt ├── plugins ├── product-info.mf ├── res […]