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在Ubuntu上安装InterProScan(Ubuntu)

在Ubuntu上安装InterProScan(Ubuntu)

Related:BLAST2GO数据库本地化安装

基本介绍

Interproscan 组合了不同的蛋白质特征(protein signature)数据库,包括了 Pfam , PIR,SMART,Gene3D,TigrFam,SuperFamily,TMHMM,SignalPHMM,FPrintScan以及PatternScan等。通过InterPro,我们可以利用这些数据库更好的注释和了解蛋白质功能等详细信息,此外,我们也可以容易的和GO进行关联,极大的丰富蛋白质的GO功能注释。

基本步骤 安装Perlbrew

为了安装本地的IPRscan,需要安装好多Perl的包,在Ubuntu 12.04 上Perl 版本是 5.14.2,最新的是5.18.0,很多包不都这么支持了,比如 File::Basename, English,不过 perlbrew , 可以很方便的安装多个Perl版本,以及随意切换, 在Perl 5.18.0 环境下可以将IPRscan需要的包顺利安装完成。

设置perlbrew 安装路径:

export PERLBREW_ROOT=/home/biostack/tools/perl5

安装perlbrew

wget -O – http://install.perlbrew.pl | bash

bashrc 中添加:

#perlbrew export PERLBREW_ROOT=/home/biostack/tools/perl5 source /home/biostack/tools/perl5/etc/bashrc

初始化

perlbrew init

选择镜像

perlbrew mirror

查看可以安装的perl 版本

perlbrew available

安装perl-5.18.0

perlbrew install […]

BLAST2GO 的本地安装( Ubuntu )

BLAST2GO 的本地安装( Ubuntu )

基本介绍

Blast2GO是一套集成的比较成熟的序列功能注释和分析平台, 可以整合NR, Swiss-prot 以及Interproscan的结果对序列进行功能Gene Ontology(GO)的功能分类。 Blast2GO是针对实验人员设计的,具有友好直观的界面。在处理大量序列时,虽然可以提交上千条序列在线分析,但是很费时且不能有效的控制软件版本,所以本地安装并基于命令行的运行模式显得尤其必要。

基本步骤 Mysql安装及其创建用户 Mysql 安装 sudo apt-get install mysql-server mysql-client mysql-workbench

安装过程中会提示输入root的密码: 你也可以后面使用下面的命令设置root密码:

sudo mysqladmin -u root -hlocalhost password ‘biostack’

测试

$ mysql Welcome to the MySQL monitor. Commands end with ; or \g. Your MySQL connection id is 41 Server version: 5.5.31-0ubuntu0.12.04.2 (Ubuntu)

Mysql安装版本:Mysql […]